Bộ chỉ huy ban đầu của Tân quân Bắc Dương, bấy giờ mang tên Tân kiến lục quân, gồm:
- Tổng biện Tham mưu doanh vụ xứ (Tham mưu trưởng): Từ Thế Xương
- Tham mưu doanh vụ xứ kiêm Giám đốc Binh quan học đường (Tham mưu phó kiêm Hiệu trưởng trường Sĩ quan): Giang Triều Tông
- Tổng biện Đốc thao doanh vụ xứ kiêm Giám đốc Bộ binh học đường (Trưởng ban Huấn luyện kiêm Hiệu trưởng trường Bộ binh): Phùng Quốc Chương
- Thống đái Pháo binh doanh (Trưởng ban Pháo binh) kiêm Giám đốc Pháo binh học đường: Đoàn Kỳ Thụy
- Chỉ huy Pháo đội Đệ nhất doanh (Tiểu đoàn 1 Pháo binh): [[Trương Hoài Chi
- Chỉ huy Công trình doanh kiêm Tổng giáo tập Giảng võ đường: Vương Sĩ Trân
- Chỉ huy Công trình doanh kiêm Hành doanh trung quân (Trưởng ban Tác chiến): Trương Huân
- Chỉ huy Học binh doanh (Tiểu đoàn Học viên) kiêm Đề điệu Đốc thao doanh vụ xứ: Tào Côn
Ngoài ra còn có các sĩ quan Vương Anh Giai, Trương Vĩnh Thành, Triệu Quốc Hiền, Hà Tông Liên, Lý Thuần, Trần Quang Viễn, Lý Hậu Cơ, Vương Chiêm Nguyên, Lô Vĩnh Tường, Vương Nhữ Hiền, Dương Thiện Đức, Điền Trung Ngọc, Bào Quý Khanh, Lục Kiến Chương, Điền Trung Ngọc, Chung Lân Đồng, Mã Long Tiêu, Mạnh Ân Viễn...
Năm 1905, lực lượng Tân quân Bắc Dương phát triển, được tổ chức thành 6 trấn, mỗi trấn được tổ chức theo mô hình sư đoàn của Lục quân Đế quốc Nhật Bản, với đủ bộ binh, kỵ binh, pháo binh, công binh, gồm 20 doanh, tổng số xấp xỉ 1 vạn quân.
Chỉ huy các trấn (tương đương Sư đoàn trưởng) theo thứ tự quản nhậm, nhiều người sau này nổi tiếng trong thập niên 1920.
- Đệ nhất trấn Thống chế: Phụng Sơn, Hà Tông Liên
- Đệ nhị trấn Thống chế: Vương Anh Giai, Trương Hoài Chi
- Đệ tam trấn Thống chế: Đoàn Ký Thụy, Tào Côn
- Đệ tứ trấn Thống chế: Ngô Phượng Lĩnh
- Đệ ngũ trấn Thống chế: Ngô Trường Thuần, Trương Vĩnh Thành
- Đệ lục trấn Thống chế: Vương Sĩ Trân, Triệu Quốc Hiền, Đoàn Kỳ Thụy
